В музеї діють експозиції: відділу природи та відділу археології. На другому поверсі у відреставрованих залах і каплиці колишньої духовної семінарії можна ознайомитися з історією Ужгородського замку та самого міста, діяльністю видатного угорського діяча, графа Міклоша Берчені як одного з володарів замку в XVII ст., історією релігії і розвитком духовної культури краю на прикладі цікавих речових експонатів, меблів XVII – початку ХХ ст., стародавніх і рідкісних книг. Графам Шенборнам присвячений окремий виставковий зал, а в галереях палацу виставлені взірці художнього та побутового литва на Закарпатті з кінця XVIII – початку ХХ ст.